水污染的來源包括：天然的污染及人為的污染源。天然污染源一般係指暴雨逕流沖刷屋頂、街道、坡地、溝渠等所帶下的污泥或有機質；人為的污染源則來自人們各種活動及開發所產生者，以下列舉河川污染主要的來源可分為三大類：

家庭污水---
包括洗衣水、廚房用水、衛浴用水…等。雨水原本是乾淨的，直接排放在河川內不會污染水源，但家庭污水應先處理放流，才不會污染河川水質。世界先進國家將家庭污水納入污水下道系統，做適當處理後，才放流到河川或海洋中。

工業廢水---
工業釋放的廢水，含有多種毒性化學物質，若未經妥當處理而直接排放至水體，將嚴重的危害環境。目前針對工業廢水所造成的污染，行政院環境保護署正全力推動強化事業廢水污染計畫，希望盡快解決工業廢水污染水質的問題。採礦時，為分離礦物，在選礦時用水沖洗，將含有大量泥沙，溶解性有毒物質有銅、鋅、鉛、鐵等或腐蝕性物質如硫酸，其流入河川或湖泊，亦會導致該類水體的污染，破壞生態平衡。

農牧業污染---
農業活動中使用的農藥、肥料等物質，經由地表水或地下水滲透與流動而進入水體，使得水體環境受到污染。部份農藥對於魚類或其他水棲生物皆具有毒性，足以貽害生態環境。而牧養豬、牛、羊、雞、鴨、鵝、魚等所造成的排泄物亦成水污染主要來源。

　　而造成河川污染的原因，主要有：